2026 종부세 9월 16~30일 신청 — 12억 공제를 여는 특례는 3종, 세율 주택 수만 빼는 특례와 다릅니다

종합부동산세에서 1세대 1주택자로 보아 주는 특례는 세 가지입니다 — 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택(법 제8조 제4항). 신청하면 기본공제가 9억원에서 12억원으로 올라가고 고령자·장기보유 세액공제(최대 80%) 가 열립니다. 다만 그 집의 공시가격은 과세표준에 그대로 합산됩니다. 신청기간은 9월 16일부터 30일까지입니다. (2026년 기준)

준공후 미분양주택과 인구감소지역 주택도 “주택 수에서 뺀다”고 소개되지만 근거도 효과도 다른 제도입니다. 그쪽은 시행령 제4조의3 제3항이 정하는 세율 적용 주택 수에서만 빠질 뿐, 12억원 공제나 세액공제를 열어 주지 않습니다. 이 둘을 한 표에 섞어 놓은 자료가 많아 아래에서 따로 떼어 정리했습니다.

빠지는 것은 ‘주택 수’뿐입니다

이 특례에서 가장 자주 어긋나는 지점부터 짚습니다. 주택 수에서 빠진다는 말을 “그 집은 종부세 대상이 아니다”로 읽으면 계산이 통째로 틀립니다.

국세청 안내는 과세표준 계산을 이렇게 설명합니다. 과세대상 주택(특례주택 포함)의 공시가격을 합산한 금액에서 12억원을 공제한다고 되어 있습니다. 괄호 안의 ‘특례주택 포함’이 핵심입니다. 특례주택의 공시가격은 끝까지 과세표준 안에 남습니다.

그래서 특례가 바꾸는 것은 기본공제와 세액공제 딱 두 가지입니다.

구분	특례 미신청	특례 신청
기본공제	9억원	12억원
고령자·장기보유 세액공제	없음	적용(최대 80%)
특례주택 공시가격	과세표준에 합산	과세표준에 합산(동일)

임대주택 등에 적용하는 합산배제와는 다른 제도입니다. 합산배제는 공시가격 자체를 빼고 계산하지만, 이 특례는 기본공제와 세액공제를 정할 때 1세대 1주택자로 보아주는 제도입니다. 두 신고 모두 9월 16~30일에 하다 보니 한 제도로 오해하기 쉽습니다. 임대주택 쪽은 종부세 합산배제 신고 글에서 따로 다뤘습니다.

12억 공제를 여는 특례는 세 가지입니다

법 제8조 제4항이 1세대 1주택자로 보는 경우를 정하고, 같은 조 제5항이 그중 제2호부터 제4호까지를 신청 대상으로 정합니다. 어느 하나에 해당하고 나머지 세대원이 다른 주택을 갖고 있지 않아야 1세대 1주택자로 봅니다.

유형	요건
일시적 2주택	종전주택을 팔기 전에 신규주택을 취득해 2주택이 된 경우로, 과세기준일(6월 1일) 현재 신규주택 취득일부터 3년이 지나지 않은 것
상속주택	과세기준일 현재 상속개시일부터 5년이 지나지 않은 주택. 5년이 지나도 지분율 40% 이하이거나 지분 상당 공시가격 6억원(수도권 밖 3억원) 이하이면 기간 제한 없이 해당. 조합원입주권·분양권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택도 포함
지방 저가주택	공시가격 4억원 이하인 주택 1채. 소재지는 시행령 제4조의2 제3항 제2호의 네 갈래 — ㉮수도권 밖의 지역 중 광역시·특별자치시가 아닌 지역 ㉯수도권 밖의 광역시에 소속된 군 ㉰세종특별자치시의 읍·면 ㉱서울을 제외한 수도권 중 인구감소지역이면서 접경지역으로 재정경제부령이 지정한 곳

상속주택 항목의 지분 요건은 형제가 한 채를 나눠 받은 경우에 자주 걸립니다. 5년이 지났다고 자동으로 주택 수에 들어가는 것이 아니라, 지분율 40% 이하면 계속 빠집니다. 물려받은 집을 팔 때의 양도세 판정은 규정이 완전히 별개이므로 상속주택 양도세 글에서 확인하세요.

오해 교정 — 지방 저가주택의 지역 요건에서 「광역시·세종시가 아니면 어디든 된다」로 읽으면 틀립니다. ㉮와 ㉯는 모두 「수도권 밖」이 전제라서 경기도 일반 시·군은 해당하지 않습니다. 수도권에서 열리는 길은 ㉱ 하나뿐이고, 시행규칙 제4조의6이 그 지역을 경기도 가평군·연천군, 인천광역시 강화군·옹진군 넷으로 못박아 두었습니다. 또 광역시는 「군」, 세종시는 「읍·면」으로 단위가 서로 다릅니다.

지방 저가주택 기준은 공시가격 3억원 이하에서 4억원 이하로 완화됐습니다. 옛 안내문에 3억원으로 적힌 글이 아직 많이 돌아다닙니다. 같은 표 안의 상속주택 지분 요건에 나오는 ‘수도권 밖 3억원’은 이것과 다른 숫자이니 섞어 읽지 않도록 주의하세요.

비슷해 보이지만 다른 제도 — 세율 주택 수에서만 빼는 특례

준공후 미분양주택과 인구감소지역 주택을 위 표에 함께 넣은 자료가 많습니다. 근거 조문이 다릅니다. 이쪽은 시행령 제4조의3 제3항이 정하는 「법 제9조에 따라 세액을 계산할 때 적용하는 주택 수」, 즉 세율을 2주택 이하로 볼지 3주택 이상으로 볼지 가르는 숫자입니다.

	1세대 1주택자 판정 특례	세율 적용 주택 수 산정
근거	법 제8조 제4항 + 시행령 제4조의2	법 제9조 + 시행령 제4조의3 제3항
대상	일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택 3종	합산배제 주택·상속주택·무허가 부속토지·신규주택·지방 저가주택 + 아래 4종
효과	기본공제 9억 → 12억 + 고령자·장기보유 세액공제	세율 구간(2주택 이하 / 3주택 이상) 판정에서 제외
제출	9월 16~30일 (법 제8조 제5항)	9월 16~30일 (시행령 제4조의3 제4항)

시행령 제4조의3 제3항 제3호 바목이 정하는 네 가지는 이렇습니다. 전부 취득가액·기준시가 기준이고, 위 표의 지방 저가주택과는 숫자의 뜻이 다릅니다.

유형 (시행령 제4조의3 ③3 바목)	요건
소형 신축주택 (1목)	2024년 1월 10일 ~ 2027년 12월 31일 취득, 전용 60㎡ 이하, 취득가액 6억원(수도권 밖 3억원) 이하, 같은 기간에 준공, 아파트 제외(도시형 생활주택인 아파트는 가능)
준공 후 미분양주택 (2목)	2024년 1월 10일 ~ 2026년 12월 31일 취득, 전용 85㎡ 이하, 취득가액 7억원 이하, 수도권 밖 소재
인구감소지역 주택 (3목)	2026년 1월 1일 이후 취득, 취득일 현재 기준시가 합계 4억원(수도권 밖 인구감소지역 9억원) 이하 이면서 과세기준일 공시가격도 같은 기준 이하, 취득 전 보유주택과 같은 시·군·구가 아닐 것. 접경지역이 아닌 수도권·광역시(군 제외) 소재는 제외
인구감소관심지역 주택 (4목)	2026년 1월 1일 이후 취득, 수도권 밖의 인구감소관심지역(광역시는 군만), 취득일 기준시가·과세기준일 공시가격 모두 4억원 이하, 취득 전 보유주택과 같은 시·군·구가 아닐 것

오해 교정 — 자주 돌아다니는 표가 준공후 미분양을 「2025년 12월 31일까지」, 인구감소지역을 「2024년부터」로 적어 두는데 현행 조문은 각각 2026년 12월 31일까지, 2026년 1월 1일 이후입니다. 그리고 인구감소관심지역은 아예 빠져 있는 경우가 많습니다. 무엇보다 이 넷은 12억원 공제를 열어 주지 않습니다 — 세율 구간만 바뀝니다.

세액공제는 특례주택 몫만큼 줄어듭니다

특례를 신청하면 세액공제가 열리지만, 산출세액 전체에 붙는 것은 아닙니다. 법 제9조 제7항·제9항이 그렇게 정합니다 — 만 60세 이상이거나 5년 이상 보유한 1세대 1주택자가 제8조 제4항 각 호에 해당하면, 산출세액에서 그 특례주택분 산출세액(공시가격 합계액으로 안분한 금액)을 제외한 금액에 공제율을 곱합니다.

거주주택 공시가격 15억원에 지방 저가주택 3억원을 가진 70세·15년 보유 1세대를 놓고 보면 이렇게 갈립니다. 재산세 중복공제와 농어촌특별세는 빼고, 구조만 드러나게 계산한 값입니다.

단계	특례 미신청	특례 신청
공시가격 합계	18억원	18억원
− 기본공제	9억원	12억원
× 공정시장가액비율 60%	5억 4,000만원	3억 6,000만원
산출세액	318만원	192만원
세액공제 대상	없음	192만원 × 15/18 = 160만원
− 세액공제(40%+50%, 한도 80%)	0원	128만원
차감 후	318만원	64만원

세액공제 대상이 192만원이 아니라 160만원인 이유가 위에서 말한 안분입니다. 특례주택이 차지하는 3억원분 세액에는 고령자·장기보유 공제가 붙지 않습니다. 그래도 결과 차이는 254만원입니다. 본인 숫자로 확인하려면 아래 계산기에 공시가격을 넣어보세요.

종합부동산세 계산기로 내 세액 확인하기

세액공제율은 연령이 60세 이상 20%·65세 이상 30%·70세 이상 40%(법 제9조 제6항), 보유기간이 5년 이상 20%·10년 이상 40%·15년 이상 50%(제8항)이고, 제5항이 두 공제를 합계 100분의 80 범위에서 중복 적용한다고 정합니다. 계산 순서 전체는 종합부동산세 계산법 글에 정리해 뒀습니다.

신청 — 9월 16일부터 30일까지

납세의무자가 9월 16일부터 9월 30일까지 ‘1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 신청서’를 관할 세무서에 제출합니다. 자동 적용이 아니라 신청주의입니다. 요건을 다 갖췄어도 내지 않으면 그해는 9억원 공제로 계산됩니다.

처음 한 번 제출한 뒤 내용에 변동이 없으면 다음 해부터는 신청을 생략해도 됩니다. 다만 특례주택을 팔았거나 새로 취득해 상황이 달라졌다면 다시 신고해야 합니다.

일시적 2주택으로 신청했다면 사후관리가 따라붙습니다. 신규주택 취득일부터 3년 안에 종전주택을 팔지 못하면 요건 미충족으로 보아 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징합니다(종합부동산세법 제17조 제5항). 3년이 빠듯하다면 신청 자체를 다시 따져보는 편이 안전합니다.

부부가 집 한 채를 공동명의로 갖고 있는 경우는 이 특례가 아니라 별도의 공동명의 1주택자 특례를 봅니다. 신청기간은 같지만 판단 구조가 다릅니다.

자주 틀리는 것 — 오해 교정

• “주택 수에서 빠지니 그 집 세금은 없다” — 아닙니다. 공시가격은 과세표준에 그대로 합산됩니다. 빠지는 것은 기본공제와 세액공제를 적용할 때의 1세대 1주택자 판정뿐입니다.
• “지방 저가주택은 공시가격 3억원까지” — 옛 기준입니다. 현재는 4억원 이하로 완화됐습니다. 3억원이 등장하는 자리는 상속주택의 ‘지분 상당 공시가격, 수도권 밖’ 요건이라 서로 다른 항목입니다.
• “합산배제를 신고했으니 주택 수도 줄었다” — 별개 제도입니다. 서류를 따로 내야 합니다.
• “준공후 미분양·인구감소지역 주택도 12억 공제를 받는다” — 아닙니다. 그 넷은 시행령 제4조의3 제3항이 정하는 세율 적용 주택 수에서만 빠집니다. 기본공제는 9억원 그대로이고 고령자·장기보유 세액공제도 열리지 않습니다.
• “세액공제 80%면 세금이 5분의 1” — 산출세액 전체가 아니라 특례주택을 뺀 1주택 몫에만 적용되므로 실제 감면율은 그보다 낮습니다.
• 2026년 세제개편안에 담긴 종부세 개편은 아직 정부안 단계입니다. 국회 심의·의결을 거쳐야 확정되고 시행일도 항목마다 다르므로, 이 글의 기준은 현행 법령입니다.

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근거 자료

• 국세청 — 1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 특례 — 대상·요건·신청기간·과세표준 처리
• 국세청 — 종합부동산세 세액계산 흐름도 — 공제·세율·세액공제
• 종합부동산세법 (국가법령정보센터) — 제8조 제1항·제4항·제5항, 제9조 제1항·제5항~제9항(세율과 세액공제), 제17조 제5항(추징·이자상당가산액)
• 종합부동산세법 시행령 — 제4조의2(1세대 1주택자의 범위), 제4조의3 제3항·제4항(세율 적용 주택 수)
• 종합부동산세법 시행규칙 — 제4조의6(수도권 지방 저가주택 지역), 제4조의7(신청서)

기준 시점: 2026년 9월 18일 국가법령정보센터 원문. 지방 저가주택 공시가격 기준과 인구감소지역 요건은 시행령 개정이 잦으니 신청 전에 현행 조문을 다시 확인하세요.